L'homme et les micro-organismes

Catherine Dupeyron Biologiste, Créteil, France

L’homme vit au contact d’un très grand nombre de micro-organismes présents dans son environnement : virus, bactéries, parasites. Il en est lui-même porteur d’une très grande quantité, bactéries essentiellement. Le nombre total de bactéries présentes sur la peau, les téguments, les
muqueuses et le tube digestif a été évalué à dix mille milliards (Figure 1).
Il est classique de dire que l’homme est porteur d’un plus grand nombre de bactéries que de cellules. Le tube digestif du foetus est stérile, mais la colonisation bactérienne est si précoce et rapide que, dès la 48ème heure après la naissance, elle est quantitativement voisine de celle de l’adulte (Figure 2).

Les rapports entre l’homme et cette flore bactérienne sont complexes (tableau 1) :

  • D’une part il doit vivre en harmonie avec elle. Toute modification accidentelle (blessure), thérapeutique (injection, chirurgie), contamination par un agent pathogène, ou traitement antibiotique mal conduit, peut provoquer des infections dont certaines gravissimes.
  • D’autre part cette flore bactérienne est utile et même indispensable à la vie humaine, en particulier pour la synthèse de certaines vitamines comme la vitamine K qui intervient dans le processus de la coagulation sanguine. C’est également une barrière vis-à-vis de l’implantation et de la prolifération de germes pathogènes, et elle permet le développement et la maturation des systèmes de défense immunitaire.
  • Il est important de noter que certaines parties de l’organisme ne contiennent normalement aucun germe (Tableau 2).
Tableau 1 : flores commensales de l'homme
Sites Bactéries

Peau

Couche cornée

Micrococcus, Staphylococcus epidermidis, Brevibacterium

Poils et glandes sébacées

Staphylococcus aureus

Anaérobies : Peptococcus, Propionibacterium

Nez

Entrée des fosses nasales

Staphylococcus aureus

Cloisons, cornets, cavum

Staphylococcus epidermidis, streptocoques (dont pneumocoque), Haemophilus, Neisseria (dont méningocoques), Moraxella

Oeil

Staphylococcus epidermidis, Corynebacterium, Moraxella (rare)

Pharynx

Streptocoques (dont pneumocoques)

Haemophilus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus

Quelques Klebsellia, Escherichia, levures

Cavité buccale

Streptococcus mitis, sanguis, salivarius

Lactobacilles

Staphylococcus epidermidis, Neisseria

Anaérobies : Actinomyces, Fusobacterium, Bacteroides, Haemophilus

Voies respiratoires inférieures

Pas de flore chez le sujet normal

Souvent flore provenant du pharynx

Oesophage Flore rare, quelques bactéries alimentaires transitoires

Estomac

Flore rare (pH = 2)

Helicobacter

Intestin grêle Flore rare

Gros intestin

Flore très abondante (1011 bactéries/g), variée (400 espèces)

Anaérobies : Bifidobacterium, Actinomyces, Clostridium, Bacteroides, Fusobacterium

Aérobies : entérobacteries, Staphylococcus, Enterococcus, Pseudomonas

Vagin Lactobacilles, Bifidobacterium, Gardnerella, Mobiluncus, mycoplasm
Tableau 2 : zones normalement stériles

Arbre respiratoire

Sinus et oreille moyenne

Plèvre et péritoine

Foie et vésicule biliaire

Arbre urinaire au-dessus de l'urètre supérieur

Os, articulations, muscles, sang

Liquide céphalorachidien

La connaissance de notre flore est indispensable aussi bien pour le clinicien que pour l’hygiéniste. Leur préoccupation principale doit être de la respecter et d’éviter de la déséquilibrer.

On classe en quatre groupes les bactéries de l’environnement humain :

  • Les bactéries saprophytes qui se développent dans la nature, sur les végétaux ou les produits animaux (déchets organiques) et qui peuvent être retrouvées de façon transitoire à la surface de la peau ou des muqueuses. Leur présence est inoffensive, sauf pour les sujets immunodéprimés, ou en cas d’inoculation massive chez le sujet sain. On les appelle alors micro-organismes opportunistes.
  • Les bactéries commensales qui ne peuvent vivre qu’en présence de cellules humaines ou animales, car elles se développent aux dépens de produits du métabolisme cellulaire. Elles n’entraînent pas en principe de manifestations pathologiques chez l’homme. On les retrouve sur la peau, les muqueuses, et dans le tube digestif. Cependant, beaucoup d’entre elles possèdent des caractères d’une potentielle virulence et, dans certaines conditions, peuvent provoquer des infections. Une partie de notre pathologie est due à ces bactéries.
  • Les bactéries pathogènes (Tableau 3), capables de provoquer des maladies spécifiques comme la tuberculose, la scarlatine, des furoncles etc.
    • Certaines sont dites pathogènes obligatoires car leur présence signifie toujours qu’il y a maladie. C’est le cas de la blennorragie, de la syphilis, de la lèpre, de la tuberculose, du choléra, de la typhoïde …
    • D’autres sont dites pathogènes facultatives, car on peut les trouver chez l’homme sans qu’il soit malade. On dit alors que c’est un porteur sain. Il peut les transmettre à d’autres individus, qui peuvent rester porteurs sains également ou contracter la maladie. C’est le cas par exemple avec le streptocoque du groupe A, le pneumocoque, l’Haemophilus ou le méningocoque. Le cas du méningocoque (agent de la méningite cérébrospinale) illustre bien ce phénomène. Le portage sain dans le nasopharynx est la situation de loin la plus fréquente, la maladie est l’exception puisqu’elle ne touche qu’un porteur sain sur 10 000 (facteurs favorisants tels que l’âge, une susceptibilité individuelle d’origine indéterminée…).

Jusqu'à la naissance, le tube digestif est stérile
Dès la 48ème heure, la colonisation microbienne
est quantitativement voisine de celle de l'adulte

Dans cet environnement de micro-organismes potentiellement hostiles, l’individu doit se préserver et préserver les autres. Il peut le faire grâce à l’hygiène, science médicale qui traite de la manière de conserver la santé, en respectant un certain nombre de mesures et de règles individuelles et collectives visant à diminuer les infections.