Examen cytobactériologique des urines

Catherine Dupeyron
Bactériologiste, Hôpital Albert Chenevier, Créteil, France.

Mis à jour le : 
16 Mars 2006

Les infections urinaires sont très fréquentes. Souvent considérées comme banales et bénignes, elles peuvent aussi avoir des conséquences pathologiques sévères et entraîner des complications graves, notamment des atteintes de la fonction rénale.
Le diagnostic d'infection urinaire évoqué sur l'examen clinique du malade sera confirmé si pos­sible par l'analyse cytobactériologique des urines (ECBU).
Si l'ECBU n'a pas une grande importance pour une simple cystite (pas de fièvre), il est essentiel pour les infections autres (pyélonéphrite avec fièvre, douleurs lombaires).

Cet examen comprend plusieurs étapes :

  • l'examen direct pour rechercher des leucocytes et des bactéries dans les urines ;
  • la culture quantitative de l'urine considérée comme l'examen de référence qui permet un diagnostic de certitude ;
  • l'antibiogramme qui est l'étude de la sensibilité aux antibiotiques de la bactérie responsable, et qui permet d'adapter le traitement.
Il s'agit d'un examen simple à réaliser, mais dont la qualité repose sur le respect d'une méthodo­logie rigoureuse.

I. Contexte clinique

Les principales circonstances de demande d'un ECBU sont :

  • la présence de signes cliniques (tableau n° 1) cystite, pyélonéphrite, prostatite ;
  • une fièvre isolée surtout chez le nourrisson ;
  • une hématurie, une pyurie, des tests de dépistage positifs ;
  • une prescription systématique chez des patients à risque : diabétiques, grabataires, problèmes urologiques, porteurs de sonde, femmes enceintes, bilan pré-opératoire etc.
  • un contrôle de traitement.

L'ECBU n'est pas obligatoire en cas de cystite aiguë de la femme de moins de 65 ans, sans antécédents, en dehors de la grossesse.

II. Recueil des urines

L'urine contenue dans la vessie est normale­ment stérile mais elle peut être contaminée lors de la miction par la flore normale qui colonise habituellement l'urètre. Pour limiter cette contamination on doit recueillir l'urine du milieu de la miction et éliminer celle du début qui aura entraîné la majeure partie des bactéries de l'urètre.

L'urine peut être recueillie à n'importe quel moment de la journée, mais au mieux le matin après que le patient soit resté au moins 3 heures sans uriner.

La toilette locale est très importante : gland prépuce relevé chez l'homme, pourtour urinai­re, grandes et petites lèvres chez la femme, avec un savon antiseptique doux, puis rinçage à l'eau. Le premier jet (environ 20 ml) est éli­miné et le deuxième jet est ensuite recueilli dans un récipient stérile. Il est important de bien expliquer au patient comment exécuter le prélèvement.

Cas particuliers :

  • Chez l'homme, en cas de suspicion de prosta­tite, on recueillera le premier jet pour aug­menter les chances d'isolement de la bactérie responsable qui est souvent en faible quantité.
  • Chez la femme, en cas de pertes ou de règles, on devra mettre en place une protection vaginale.
  • Chez le nourrisson, on peut utiliser une poche plastique stérile, que l'on applique sur la peau, mais qui ne doit pas rester en place plus de soixante minutes.

 

Tableau 1 : les signes

 

Cystite aiguë

Pyélonéphrite

Prostatite aiguë

Signes fonctionnels

Pollakiurie
Dysurie

Douleurs lombaires
+ ou - dysurie

Dysurie

Signes généraux Pas de fièvre Fièvre Fièvre
Atteinte de l'état général

Chez le patient porteur d'une sonde, on ne doit pas prélever dans la poche où la pullula­tion bactérienne est importante, mais par ponction directe dans la sonde après désinfec­tion, ou dans la chambre à prélèvement lorsqu'il y en a une.

III. Conservation et transport

Le flacon doit être bouché hermétiquement, étiqueté précisément avec la date et l'heure du prélèvement et acheminé le plus rapidement possible au laboratoire. L'urine ne doit pas séjourner plus d'une heure à température ambiante pour éviter toute multiplication bactérienne. Elle peut être conservée à 4°C pendant 24 heures en cas de nécessité.

IV. Examen cytobactériologique

1. Examen macroscopique

Homogénéiser l'urine par retournement du flacon et noter l'aspect limpide ou trouble et la présence d'une éventuelle hématurie.

2. Examen microscopique

Il comprend un examen cytologique et un examen bactériologique.

3. Examen cytologique

L'examen en cellule de Malassez permet de dénombrer les éléments figurés contenus dans un volume donné de l'urine à étudier. Leur concentration est exprimée par millilitre (ml).

Cette technique est préférable à l'examen de l'urine entre lame et lamelle qui conduit à un résultat rendu en croix ou par champ micro­scopique, moins reproductible et plus difficile à interpréter, car soumis à l'appréciation de la personne qui réalise l'examen.

Une urine non infectée contient moins de 10 000 leucocytes et moins de 5 000 hématies par ml.

Une infection urinaire se traduit le plus sou­vent par la présence de :

  • 50 000 leucocytes/ml, parfois en amas ;
  • 10 000 hématies/ml ;
  • des cellules du revêtement urothélial ;
  • la présence de cylindres leucocytaires est importante à prendre en compte ;
  • la notion d'altération des leucocytes n'appor­te pas d'informations complémentaires.

La présence de nombreuses cellules d'origine vaginale doit évoquer une contamination et entraîner éventuellement le rejet de l'examen.

4. Examen bactériologique

L'examen du frottis du culot de centrifugation coloré au Gram permet d'observer les micro-organismes présents, et d'orienter éven­tuellement le choix des milieux de culture dans certains cas particuliers.

Cet examen permet au biologiste de donner très rapidement une orientation sur la bactérie responsable, utile pour le choix du traitement de première intention.

5. Culture

Elle permet l'isolement des bactéries et leur numération. Elle doit être quantitative par ensemencement d'une quantité connue d'urine étalée au râteau sur un milieu gélosé en boîte de Pétri, soit par dilution (50 µl d'urine diluée au 1/100e par exemple) soit avec une anse calibrée (1 µl par exemple).

Le milieu gélosé de CLED (cystéine, lactose, électrolyte déficient) convient à la culture des principales bactéries responsables d'infection urinaire. Dans des cas particuliers, à la suite de l'examen direct, on ensemencera une gélose au sang ou une gélose chocolat sous 10 % de C02 pour la culture des bactéries exigeantes.

Après 18 h d'incubation à l'étuve à 37° C, chaque bactérie ou amas de bactéries présent dans l'urine donne naissance à une colonie visible à l'oeil nu (unité formant colonie UFC). Le nombre de bactéries par millilitre est appré­cié en comptant le nombre d'UFC sur la gélose, et en rapportant au volume d'urine ensemencé.

L'absence de culture lorsque des bactéries ont été vues à l'examen direct, chez un malade non traité par des antibiotiques doit conduire à refai­re l'ECBU : en présence de bactéries au Gram il faudra suspecter des bactéries déficientes ou inhabituelles et utiliser alors des milieux de cul­ture appropriés plus riches (gélose au sang frais ou au sang cuit : gélose chocolat) et incuber en atmosphère contenant 10 % de C02.

Tableau 2: interprétation de l'ECBU

Tableau 2: interprétation de l'ECBU

Bactéries/ml

Leucocyturie

 

 

Absence de bactérie

< 10 000/ml

> 10 000/ml

Pas d'infection urinaire

  • Traitement antibiotique en cours
  • Infection génitale
  • Tuberculose urinaire
  • Prélévement défectueux

102 < bact < 104
monomicrobien

Contamination
ou infection débutante

  • Infection traitée par antibiotiques ou par diurèse abondante
  • Infection urinaire débutante
  • Prostatite, urétrite
  • Infection sur sonde

> 105 monomicrobien

Prélèvement défectueux
Infection urinaire débutante
Infection sur terrain particulier :

 

  • femme enceinte
  • sujet âgé
  • sonde
  • immunodépression

A contrôler

Infection urinaire

102 < bact < 104
polymicrobien

Souillure probable

Souillure ou infection sur sonde
A contôler

> 105
polymicrobien

Souillure ou infection urinaire
A contôler

  • Infection urinaire probable si anomalies urologiques
  • Contamination possible

A contrôler

Certains laboratoires utilisent comme milieu, pour le dénombrement et la culture, des lames recou­vertes de milieu gélosé prêtes à l'emploi que l'on immerge dans l'urine. Le prix de revient est supé­rieur à celui de la technique en boite de Pétri et la qualité des isolements est moins bonne.

6. Identification

L'identification est orientée par l'examen des frottis colorés au Gram, effectués à partir des différents types de colonies isolées, la recherche de la catalase pour les bactéries à Gram positif et d'une cytochrome-oxydase pour les bacilles à Gram négatif. L'identifica­tion est réalisée par l'étude des caractères biochimiques avec des milieux traditionnels ou des galeries commercialisées prêtes à l'emploi.

7. Interprétation

C'est une partie très importante de l'ECBU. Elle s'appuie sur : la leucocyturie, la bactériu­rie, la nature des espèces en cause et le fait que l'on retrouve un seul ou plusieurs types de bactéries à la culture.

Ces données doivent être complétées par la connaissance du contexte clinique : d'éventuels antécédents urologiques, du sexe, et de la notion de traitement antibiotique récent ou en cours.

L'urine est normalement stérile ou ne contient que des germes de contamination en faible quantité (<103 UFC/ml), avec une leucocytu­rie < 10 000/mI. La majorité des patients présentant une infection urinaire ont une leucocyturie > à 100 000/ml.

La présence de leucocytes en quantité anor­male, sans bactérie visible à l'examen direct, et une culture négative, doivent faire suspecter une infection des voies urinaires à bacille tuberculeux. Il s'agit là d'une recherche parti­culière, qui doit être effectuée sur la première miction des urines de la nuit, après restriction hydrique. Le tableau n° 2 résume les diffé­rentes situations qui peuvent être rencontrées et la conduite à suivre.

8. Antibiogramme

Du fait de l'augmentation croissante des résistances acquises aux antibiotiques, l'anti­bioramme doit être réalisé dans tous les cas d'infection urinaire ayant fait l'objet d'une prescription d'ECBU.

On étudiera les principaux produits à forte éli­mination urinaire, utilisables par voie orale ou sous forme injectable, disponibles dans le pays.

La méthode de référence et la plus fréquente est la méthode par diffusion en milieu gélosé, reposant sur l'emploi de disques chargés d'an­tibiotiques. Elle doit être bien standardisée, l'épaisseur de la gélose, la densité de l'inocu­lum et la bonne conservation des disques étant les points les plus importants.

Des galeries prêtes à l'emploi peuvent être également utilisées, mais généralement leur coût est nettement supérieur.

La bactérie la plus fréquemment isolée dans les infections urinaires est Escherichia coli, suivie de Proteus mirabilis, Klebsiella pneu­moniae, des autres entérobactéries et de Sta­phylococcus saprophyticus. Les pourcen­tages varient selon qu'il s'agit d'une population de patients sans antécédents (80 à 90 % d'Escherichia coli), ou de patients à risque ayant déjà reçu plusieurs traitements antibio­tiques et/ou hospitalisés (35 à 50 % d'Esche­richia coli). Par ailleurs la sensibilité à l'ampi­cilline de cette bactérie a beaucoup diminué ces dernières années et ce n'est plus le produit préconisé pour un traitement de première intention d'une infection urinaire. On lui pré­férera le cotrimoxazole (Bactrim).

Il faut savoir que l'on peut retrouver parfois chez les patients dits à risque des bactéries de l'environnement (Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter, etc) souvent devenues très résistantes car sélectionnées par des antibio­thérapies mal conduites, ainsi que des entéro­coques et des Staphylococcus aureus résis­tants à l'oxacilline.

V. Contrôle de traitement

C'est l'une des indications de l'ECBU. Lorsque le traitement antibiotique est efficace, dans les cystites aiguës, la bactériurie disparaît en 24 heures alors que les symptômes et la pyu­rie peuvent persister quelques jours.

Un ECBU peut être pratiqué après trois jours de traitement pour vérifier la stérilisation des urines en cas d'atteinte tissulaire, d'infection urinaire sur terrain immunodéprimé ou diabé­tique, de la présence d'anomalie urologique ou chez la femme enceinte. Un contrôle à distance de la fin du traitement (4 à 6 semaines) est nécessaire. En cas d'échec clinique ou de suspicion de récidive un ECBU est également nécessaire.

VI. Conclusion

L'ECBU est l'examen demandé le plus fré­quemment. Sa réalisation est simple mais deux points sont essentiels : le recueil des urines et l'interprétation des résultats. Avant de pratiquer cet examen ou lorsque l'on ne dispose pas de laboratoire de proximité, un dépistage rapide peut être effectué, au moyen de bandelettes permettant la recherche simul­tanée d'une leucocyturie et d'une bactériurie. S'il est effectué dans de bonnes conditions, ce dépistage a un bon pouvoir prédictif pour les cas négatifs.

 

Développement et Santé, n°183, 2006

 

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